Britta, ohne rechtliche Grundlagen und ohne Erfahrungen ist das hier, wie Du siehst, mehr ein Kaffeesatz-Lesen...
Die Visastelle hat Dir ja erstmal bestaetigt, dass es rechtens war, die zwei Visa zu erteilen. Ich habe nicht verstanden, ob sie Dir zur zweiten Aussage "nach Ablauf der Gueltigket des ersten Visums ist auszureisen, auch wenn nun das zweite Visum gueltig ist" einen Verweis auf die entsprechende Bestimmung gegeben hat.
Aber ausschlaggebend ist fuer Deinen Bekannten, was die Grenzkontrolle hierzu meint. Und die sollte man fragen, was zu tun ist:
z.B. im Forum
http://www.info4alien.de oder direkt an die Kontaktadresse der Bundespolizei. (Gib aber gleich fuer beide Visa den Gueltigkeitszeitraum an, das kann wichtig sein.)
Es gibt z.B. ja auch die Moeglichkeit, ein Ausnahmevisum von der Grenzkontrolle zu erhalten.
Ebenso kann im Prinzip die Auslaenderbehoerde Visa verlaengern.
Ich will einfach nicht glauben, dass es fuer so eine banale Situation, keine angemessene Loesung geben sollte. Es handelt sich doch um reine buerokratische Fragen, die Erlaubnis zum Aufenthalt ist ja schon gegeben worden.